眼看牛肉都递到自己面拼了,眼镜少年还是不敢伸手去拿。陈源没有跟他废话,把牛肉往他上身衣服的口袋里一塞,伸手就去拿他怀里的光脑,少年的手松了一下,但又不舍地抱紧了。1991年,香港黑帮龙头倪坤被杀,倪氏家族旗下五大头目中除韩琛(曾志伟 饰)外,均伺机背叛发难,不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝(吴镇宇 饰)不费一兵一卒牵制,此举引来重案祖督察黄志诚(黄秋生 饰)的戒心,使其派出警校学生陈永仁(余文乐 饰)渗入倪家进行长期的卧底工作,而韩琛为了巩固势力,早在警察内部安插了线人刘建明(陈冠希 饰)。三年后,事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧,决意将五大头目一举歼灭,却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
1997年,大难不死的韩琛重出江湖,为替死去的同事报仇,黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜,不久却发现此举铸成大错,而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明,则在无间道的路上越行越远。